Die Steuerung des Spiels ist prinzipiell recht einfach. Das Spiel nutzt den oberen Bildschirm des Nintendo 3DS als Hauptbildschirm, während ihr auf dem unteren die Karte sehen könnt. Tippt ihr auf die Karte, so könnt ihr zwischen der detailierten Karte des Bereiches, in dem ihr euch gerade befindet, und der Dorf-Karte umher schalten.

Der Touch-Screen wird nicht benutzt um das Spiel zu steuern, so wie in einigen Vorgängern. Ihr könnt euren Stylus also getrost beiseite legen. Um zu laufen nutzt ihr stattdessen das Schiebepad, je nachdem wie stark ihr drückt geht oder rennt ihr.

Mit dem Steuerkreuz unter dem Schiebepad könnt ihr eure Kamera verändern. Drückt ihr nach links oder rechts, so könnt ihr die Kamera entsprechend nach links oder rechts drehen. Oben und unten bestimmen, wie weit in das Spiel hinein gezoomed wird. Die Leiste an der linken Seite zeigt euch dabei an, wie weit ihr noch hinein oder heraus zoomen könnt. Der Zoom wird beim Orts-Wechsel beibehalten, jedoch wird sie wieder zentriert. Besonders hilfreich ist das Verändern der Kamera wenn ihr Ausschau nach Insekten haltet, Dorfbewohner genauer betrachten wollt oder wenn ihr Objekte plazieren möchtet und euch dabei ein Hindernis im Weg ist.

• Bag wird euren Rucksack öffnen, welcher in verschiedene Kategorien unterteilt ist: Alles, Werkzeuge, Samen, Produkte, Gerichte, Fische, Insekten und Sonstiges. Drückt ihr in eurem Rucksack die Y-Taste, so könnt ihr Objekte mit unterschiedlichem ★-Rang zu einem Stapel kombinieren. Bedenkt dabei aber, dass dies einfluss auf den ★-Rang hat. Kombiniert ihr eine 1★-Kartoffel und eine 5★-Kartoffel, so wird eure 5★-Kartoffel für immer verloren sein. Der neue ★-Rang ergibt sich dann aus den verschiedenen ★-Rängen der Objekte. Tut dies nur, wenn ihr wirklich keinen Platz mehr habt und unbedingt etwas in euer Inventar aufnehmen wollt.

• Blueprints werden alle Baupläne auflisten, die ihr besitzt, sodass ihr nicht erst nach Hause zurück kehren müsst um zu sehen, welche Materialien ihr benötigt. Bauen müsst ihr allerdings dennoch Zuhause im Workshop.

• Restoration Plans bekommt ihr von Dunhill. Ihr müsst seine fünf Restoration Plans vervollständigen um die Hauptgeschichte abzuschließen und Echo Village wieder aufleben zu lassen. Ihr bekommt neue Restoration Plans sobald ihr den vorigen abgeschlossen habt.

• Save/Load ist so etwas wie euer Tagebuch in dem ihr speichern könnt. Ihr könnt jederzeit speichern (außer natürlich in Zwischensequenzen) und habt dafür zwei Spielstände zur Verfügung.

• Return wird das Hauptmenü schließen.