Zu Beginn stehen als Basiswerkzeuge in der Werkzeugkiste zur Verfügung: Hammer, Hacke, Gießkanne, Sichel und Axt. Eine Basis-Angel erhält man, wenn man Zack in seinem Haus am Strand aufsucht und dabei einen freien Platz im Werkzeugteil des Rucksacks hat. 
Je häufiger man mit einem Werkzeug arbeitet, desto höher ist sein mögliches Aufrüstungspotential. Dieses Aufrüstungspotential kann auf dem Statusbildschirm eingesehen werden (select-Taste drücken und Pfeil nach links). 

Bei Saibara kann man seine Werkzeuge aufrüsten lassen, wodurch sie leistungsfähiger werden. Um ein Werkzeug aufrüsten zu können, 

- muss das Werkzeug das entsprechende mögliche Aufrüstungspotential haben 
- muss man das entsprechende Erz (Kupfer, Silber, Gold oder Mythril) zu Saibara mitnehmen 
- muss man ausreichend Geld haben (zwischen 1.000 G (für Kupfer-Level) und 5.000 G (Mythril-Level)) 

Während Saibara das Werkzeug aufrüstet, bleibt die Schmiede geschlossen. Danach muss man es bei ihm abholen. 
Die Aufrüstung muss nicht in der Reihenfolge Kupfer- Silber – Gold – Mythril erfolgen. Man kann auch beliebig viele Zwischenstufen überspringen und z.B. ein Basiswerkzeug gleich auf Mythril-Level aufrüsten lassen (sofern das entsprechende Aufrüstungspotential vohanden ist). 

Um das aufgerüstete Werkzeug richtig zu verwenden, muss man den B-Knopf länger drücken als beim Basiswerkzeug, da nur so die höhere Leistungsfähigkeit richtig zur Geltung kommt. Drückt man beispielsweise bei einem Mythrilhammer nur kurz den B-Knopf, dann hat der Hammer in diesem Moment den Wirkungsgrad des Basishammers. Damit er als Mythrilhammer zum Einsatz kommt, muss man den B-Knopf so lange drücken, bis am Kopf des Farmers vier kleine Quadrate zu sehen sind. Sind alle Basiswerkzeuge auf Mythril-Level aufgerüstet, hat man die Möglichkeit, in der Seemine ein weiteres Set Werkzeuge zu finden.